يسمى السادة رؤساء الأقسام العلمية وفق الكليات على النحو التالي :

أولا : كلية الشريعة والقانون :

1 الدكتور سميح الحسن رئيس قسم الشريعة الإسلامية
2 الدكتور حسام القاعد رئيس قسم القانون
3 الدكتور عامر خربوطلي رئيس قسم الاقتصاد والعلوم الإدارية والمالية والمصرفية الإسلامية

ثانيا : كلية أصول الدين والفلسفة :

1 الدكتور خالد الياسين رئيس قسم التفسير والحديث والفلسفة
2 الدكتور رفعت علي ديب رئيس قسم القراءات القرآنية و علومها

ثالثا : كلية الدراسات الإسلامية والعربية :

1 الدكتور سفير الجراد رئيس قسم الدراسات الإسلامية و الدعوة
2 الدكتور ماهر الهندي رئيس قسم الدراسات الإسلامية والعربية
3 الدكتور حسني طالب رئيس قسم التربية 

رابعا : كلية اللغة العربية :

1 الدكتور رياض مراد رئيس قسم اللغة العربية
2 الدكتور مصطفى عبد الكريم الخطيب رئيس قسم التاريخ و الحضارة
3 الدكتور أسد حمزة رئيس قسم الصحافة و الإعلام